Mit Ernst von Bayern kam es im Jahr 1542 schließlich zur Auflösung der Münzgesellschaft. Dieser nahm den Betrieb vertreten von einem Pfennigmeister wieder selbst in die Hand.
Dennoch wurde Marx Thenn als Entschädigung wieder der Gesamte Gewinn der Münze zugestanden, an dem er bis dahin nur zu 50% beteiligt gewesen war.
Die zweite Reichsmünzordnung im Jahr 1551 sah auch die Anfertigung weiterer mittelgroßer Silbermünzen wie etwa 20 Kreuzer, 10 Kreuzer und 3 Kreuzer vor, auf welche der neue Erzbischof jedoch verzichtete, da sich deren Herstellung finanziell nicht rentierte. Er blieb bei den üblichen Kleinmünzen: Zweier, Pfennige & Heller. Auch im bayrischen Reichskreis wurden die Bestimmungen der neuen Münzordnung nicht umgesetzt.
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Ernst von Bayern Zweier (2 Pfennig) 1550 Silberne Kleinmünze Pr..384/HZ.417 Avers: Salzburger Landeswappen, darunter Familienwappen des Erzbischofs Revers: -- |
Bis zur Regentschaft Ernst von Bayerns waren keinerlei Aufzeichnungen über die Menge der Prägungen vorhanden und man schloss lediglich anhand von Münzfunden auf die Menge der Anfertigungen. Dass die Salzburger Prägungen von großer Bedeutung waren, wurde unter Anderem auch an den zeitgenössischen Fälschungen zum Ausdruck gebracht. Besonders viele dieser Exemplare findet man unter den Kleinmünzen Matthäus Lang von Wellenburg.
Zur damaligen Zeit galt Münzfälschung als eine schwere Straftat welche mit dem Tod durch Verbrennung bei lebendigem Leib endete (Bsp. Georg Karl Lambrecht, Nürnberg 1617)
Als in den 1950er Jahren im Hotel „Zum Elefanten“ die Rechnungsbücher Hans Goldeisens, welcher 1553 – 1562 Verwalter des Silberhandels war auftauchten, konnte man zum ersten Mal die Auflagen der jeweiligen Nominalen nachvollziehen.